کنترل کیفیت اجرای مطالعات به عنوان یک اصل اساسی همواره مورد توجه بوده است که در این بین مطالعات کوهورت از اهمیت ویژه ای برخوردار است. تضمین کیفیت مطالعات شامل کلیه فعالیتهایی می باشد که قبل از جمع آوری داده ها صورت می پذیرد و کیفیت بالای داده ها را در زمان جمع آوری اطلاعات تضمین می کند . هدف اصلی از کنترل کیفیت تعیین منابع خطا و سوگرایی است. در این بخش کیفیت داده ها ی جمع آوری شده توسط ناظر فیلد (کارشناس ارشد اپیدمیولوژی) بر اساس پروتکل اجرایی کوهورت پرشین مورد ارزیابی قرار می گیرد، خطا ها و علل آن شناسایی و محدودیت ها و اشکالات موجود رفع می شود.
تضمین و کنترل کیفی آزمایشگاه تمام فعالیتهای لازم برای اطمینان از روند و کیفیت آزمایش گفته می شود. در واقع،تضمین کیفیت تمام مراحل ورود نمونه به آزمایشگاه تا گزارش جواب در برمی گیرد. تمامی این مراحل بر اساس پروتکل کشوری کنترل می شود.